丛枝菌根的菌丝有根外菌丝和根内菌丝之分。根外菌丝在根的外面扩散，发达时可在根的外围形成松散的菌丝网，甚至将根遮掩，但不会像外生菌根那样形成菌套。根外菌丝又可分为两种类型，一种是厚壁菌丝，它粗糙、壁厚、细胞质稠密、菌丝直径可达20～30μm，有双叉分枝；另一种是薄壁菌丝，多从厚壁菌丝上长出，较细，直径为2～7μm，穿透力强，能行吸收功能。当吸收的营养物质耗尽后，菌丝中的细胞质可回缩至厚壁菌丝内，并长出横隔，随后凋萎。与厚壁菌丝相比，薄壁菌丝是短命的。两种菌丝都有入侵根部的能力，它们与土壤密切接触，有助于扩大根的吸收范围和摄取土壤养分。根外菌丝的发展受土壤条件，尤其是通气条件的影响很大。

　　根外菌丝穿透根的表皮进入皮层细胞间或细胞内即成内生菌丝。内生菌丝可在皮层组织内纵向或横向延伸，也可盘曲于皮层细胞内。

　　2、丛枝

　　形成于皮层细胞内，进入细胞内的菌丝经过连续的双叉分枝成为灌木状结构，即为丛枝。宿主细胞内形成丛枝时，细胞中发生如下现象：①细胞质活性明显增强；②核增大，直径增加2～3倍；③形成线粒体、内质网、核糖核酸等；④储藏的淀粉物质被利用，淀粉粒消失；⑤呼吸作用和酶活性增强。丛枝分解后，细胞质和细胞恢复原状，并恢复其功能。

　　3、泡囊

　　有的丛枝菌根菌还能产生泡囊。泡囊由侵入细胞内或细胞间的菌丝末端膨大而成，直径30～100μm，一般呈圆形、椭圆形、方形等。泡囊通常有一泡囊壁使它与菌丝隔开，有时与菌丝相通。泡囊内有很多油状内含物，它们是储存的养分。泡囊的形成迟于丛枝，但它不像丛枝那样短命，并且具有繁殖功能。当根的初生皮层脱落时，少数泡囊可从根组织中释放出来进入土壤，在土壤中它们可以萌发并感染植物。通常在植物成熟的季节泡囊的数量最多，不同种的菌根真菌，其泡囊的形状、壁的结构、内含物及其数量均有不同。

　　4、孢子和孢子果

　　丛枝菌根真菌在根外菌丝的顶端常常形成厚垣孢子，其大小、形状、颜色和壁的构造均因种而异，一般为圆形或卵圆形，内含油滴。最大的孢子直径可达500μm左右，多数在100～200μm之间。有些种的孢子生长在孢子果内，孢子果直径1mm左右。丛枝菌根真菌的孢子结构和各种形态特征都是分类上的重要依据。孢子在土壤中可存活数年。

　　5、辅助细胞

　　辅助细胞是巨孢囊霉科（Gigasporaceae）真菌所特有的结构，其功能目前尚不清楚。该科真菌不在皮层细胞内或间隙产生泡囊，而是由土壤中细而卷曲的根外菌丝末端隆起、膨大形成单生或成簇的类似泡囊的结构，称为辅助细胞（auxiliarycell，亦称根外泡囊）。巨孢囊霉科的根外辅助细胞与球囊霉科（Glomaceae）和无梗囊霉科（Acaulosporaceae）的根内泡囊一样，被认为是储存营养的器官。但研究表明，球囊霉属（Glomus）泡囊可以作为繁殖体（Strullu等，1991），而巨孢囊霉科在建立菌根共生联合体后，产生的根外辅助细胞是否也具有同样的功能尚不清楚。