2、施用温度：施用菌肥的最佳温度是22℃-35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。固氮菌肥最适温度土壤的含水量是60%-70%。

　　3、施用地块：对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。

　　4、菌数：有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克(颗粒1亿/克)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。

　　5、施用时期：生物菌肥不是速效肥，一般作底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果好。

　　6、混合：应注意，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。

　　7、用量：对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。