微生物在分解有机质的过程中会产生大量的有机酸，这对盐碱土壤的转化十分有利，由于有机质的分解产物大部分是酸碱缓冲剂，它们的存在使土壤的酸碱度趋于稳定，添加影响pH。这样减少了氮肥的蒸发和磷肥的凝固，从而节省了化肥的使用量。

　　由于微生物不断地分解土壤中的有机质，这一过程产生一定量的生物能，使土壤温度比未施生物肥料的土壤相对升高，有利于植物生长和抗低温。

　　由于微生物肥料可以不断分解秸秆等农业废弃物，田间废弃物和有害化学物质很少，这种土壤节水、保肥、保温、通风，保持了土壤的可持续生产力。

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