(1)温度影响：温度是显示好氧发酵中微生物活动程度的重要指标，高温的产生标志发酵过程运转良好。工厂化发酵要求周期短，一般为10~20d。通常采用翻料和强制通风的方法来改善供氧状态，促使前期物料快速升温和维持中期60~65℃的高温。猪粪的不良物理形状是影响发酵升温的主要障碍，必加入高C/N和低水分的有机物予以改善。

　　(2)湿度影响：水分是微生物活动不可缺少的重要因素。在好氧发酵工艺中，物料适宜的含水率为60%~70%。物料含水过高过低都影响好氧微生物活动，发酵前应进行水分调节。物料含水率小于60%,升温慢，温度低，腐解程度差；大于70%,影响通气，形成厌氧发酵，升温慢，腐解度亦差。鲜粪一般含水量较高，降低含水量的方法是掺合低含水分的有机物料。如米壳、泥炭、锯末、秸等。这些辅料还促进水分的散失。

 

　　(3)C/N影响：C/N是微生物活动的重要营养条件。通常微生物繁殖要求的适宜C/N为20~30。猪粪C/N平均为14。单纯猪粪不利于发酵，需要参合高C/N比的物料进行调节。上述调节含水率的物料都具有高C/N比，也是良好的C/N掺合料。

　　(4)PH值影响：酸碱度对微生物活动和氮素的保存有重要影响。畜禽粪工厂化发酵是好氧发酵，有大量氨态氮生成，使pH升高发酵全过程均处于碱性环境，高pH环境的不利影响主要是增加氮素损失。可以加入稻草、锯末、谷糖等辅料，促进氮的生物固定，并降低主料中氮在发酵过程中的矿化率，减少氨态氮的挥发损失。新鲜猪粪与其应用无害化菌剂发酵后的生物有机肥，经过微生物高温分解和热交换，水分大量失出，其含量减少30%~40%,有机质含量提升约1倍，氮素养分相对提升1~4倍，磷提升2~8倍，钾提升约10倍，pH由中性变成微碱性，增加有益微生物1.3~1.5亿/g。